Perfect Story 3.0 стал проектом, способным представить игрокам переосмысленный вариант сюжетной линии оригинальной версии Сталкер Зов Припяти. Изменения коснулись не только общего сценария, но и изменили цели и биографию главного героя, добавив в игру новые квестовые цепочки и измененные второстепенные задания. Кроме изменений сюжетного характера, было сделано множество правок геймплейного характера, что местами повлекло к его усложнению.

Выживший Побег из Зоны - это новая сюжетная модификация построенная на платформе Сталкер Зов Припяти, рассказывающая историю военного инженера, отправившегося в составе экипажа военного вертолета. Основной целью группы становится выполнение миссии по спасению научной лаборатории расположенной в районе озера Янтарь. При загадочных обстоятельствах вертолет терпит крушение и главный герой становится заложником странных событий, где главной целью становиться спасение своей жизни и поиск выхода из Зоны Отчуждения.

Контракт На Плохую Жизнь - Эффект Бабочки представлен разработчиками как сюжетное дополнение, готовое раскрыть судьбу одного из второстепенных персонажей, наемника Карпа, оставшуюся за занавесом сюжетного повествования мода Контракт на Хорошую Жизнь. Платформа проекта осталась прежней и разработка базировалась на оригинальной версии Сталкер Зов Припяти.